「よく分からないけど、Google Drive のファイルが完全削除されているので、どうしたらいい？」という相談をされたので、調べてみたところ Google に問い合わせると一定期間であれば復元してもらえるようでした。
原因として有り得そうなのは、自分の PC と Google Drive を同期しているとうっかりローカル環境のファイルを削除したのではないかと思いますが、事実は不明です。
気づいたタイミングですぐに Google Apps for Work ヘルプフォーラム から問い合わせるとよさそうです。