apm starred して getaddrinfo ENOTFOUND atom.io atom.io:443 というエラーが表示されたら、apm login して Token を保存すれば解決します。
エラーメッセージ
$ apm starred
getaddrinfo ENOTFOUND atom.io atom.io:443
apm login で解決
$ apm login
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Token> xxxxx
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エラーメッセージが分かりにくい ?