Google Apps の Gmail の迷惑メールフィルタをユーザ毎に細かく設定できないかサポートに問い合わせた回答が詳しかったので、ご紹介します。
Google Apps の Gmail サービスには3種類の迷惑メールフィルタがあります。
2.の迷惑メールフィルタにつきましては、特定の送信者のメールを迷惑メールとして分類したくない場合には、その送信者の IP アドレスをメールのホワイトリストに追加していただくことで、その送信者からのメールはフィルタを通さぬように設定することが可能です。また、全ての送信者からのメールについては、「0.0.0.0/0」を追加していただくことで、事実上、迷惑メールフィルタを無効にすることができます。ホワイトリストへの IP 追加方法につきましては、次のヘルプ記事をご参照ください。
・メールのホワイトリスト - Google Apps 管理者用 ヘルプ https://support.google.com/a/answer/60751?hl=ja
また、3. のフィルタにつきましては、ユーザーのGmail web UI 上で迷惑メールに分類するフィルタを設定しているかを確認していただき、Gmail web UI 上から該当のフィルタを削除することで、迷惑メールと分類しないようにすることができます。Gmail web UI 上のフィルタに関しましては、次のヘルプ記事をご参照ください。
1.のフィルタに関しましては、Gmail を含めた全てのメールに適用されるフィルタであり、残念ながら完全に無効にすることはできません。本フィルタは、認証の有無、添付ファイル有無や種類、本文中のリンクの有無やそのリンク先などを基に、迷惑メールであるかどうかの判断をしておりますが、もし、上記の2.と3.のフィルタを無効にした上でも、迷惑メールとして処理されるメールがありましたら、個別に[迷惑メールではない] ボタンをクリックし、Gmail システムに学習させてください。なお、迷惑メールとして処理される理由および対処方法について記載したヘルプ記事がございますので、ご案内させていただきます。
「迷惑メールフィルタをユーザ個別に解除できないか？」という質問内容に対して、詳しく回答して頂けました。