今まで2段階認証アプリは Google 認証システム を使っていたのですが、Android/iOS でしか使えないという点でかなり不便でした。
一方で Android/iOS 以外に PC App も公開している Authy がより便利と教えてもらったのですぐに移行しました。
という2点が Google Authenticator にはないのでオススメです。
詳しくは 2段階認証はAuthyが便利 | DevelopersIO の記事に初期セットアップや使い方が書かれているのでこちらをご参照ください :)