jquery-cookie の $cookie() メソッドがバグってるっぽくて、正常に動作しないことがありました。
調べてみると、既にメンテナンスされてなくて今は js-cookie ライブラリを使うべきみたいです。
jquery-cookie の GitHub を見てみると、
No longer maintained, superseded by JS Cookie: https://github.com/js-cookie/js-cookie
と書いてあり、要するにメンテナンスされていないので js-cookie を使えということが書いてあります。
有名な jQuery ライブラリでもメンテナンスされてないものが増えてきたので、定期的にチェックして最新のライブラリに置き換えていきたいですね。