Shippo というか USPS の配送料金が不足している場合、追加料金が請求されるようになるみたいです。
詳しくは 2017/10/06 に更新された Shippo の記事を御覧ください。
こちらの配送物の重量や大きさの計測が間違って、配送料金を支払ったけど USPS 側の実費はもっと掛かった（= 配送料金の支払い不足）の対応ということですね。まあ、支払金額が足りてないのだから「そりゃそうだ」という感想です。
今まで追加料金の請求がされてなかったということは、USPS が顧客から頂いた料金と実費の乖離をトラッキングできてなかったんでしょうか。
以上、越境 EC サービスで Shippo を利用している現場からお送りしました。