git でリモートから特定のブランチを指定して clone するには -b オプションを付けて branch 名を指定すればよいです。

（例） node リポジトリの v0.12 ブランチを clone する

# git clone -b ブランチ名 [email protected]:target_orgs/target_repo.git
git clone -b v0.12 [email protected]:joyent/node.git

以上、git でリモートから特定のブランチを指定して clone したい、現場からお送りしました。