Node.js の path module を使って、下記のようにファイルの拡張子を取得することができます。

path.extname('index.html')
// returns
'.html'

path.extname('index.coffee.md')
// returns
'.md'

path.extname('index.')
// returns
'.'

path.extname('index')
// returns
''

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参考情報

・Path Node.js v0.10.26 Manual & Documentation