GitHub Private リポジトリの枠を節約するために、アプリと API のリポジトリを1つにまとめてモノレポ管理したいことがあると思います。
$ ls
android
api
ios
git subtree push を利用すると api ディレクトリ以下だけを Heroku に deploy できます。
git subtree push --prefix api/ heroku master
以上、サブディレクトリだけ Heroku に deploy していきたい、現場からお送りしました。