gem でインストールした Passenger をアンインストールする。

# gem uninstall passenger
Remove executables:
  passenger, passenger-install-apache2-module, passenger-install-nginx-module, passenger-config, passenger-status, passenger-memory-stats

in addition to the gem? [Yn]  Y
Removing passenger
Removing passenger-install-apache2-module
Removing passenger-install-nginx-module
Removing passenger-config
Removing passenger-status
Removing passenger-memory-stats
Successfully uninstalled passenger-3.0.19

・[参考]：Phusion Passenger ユーザーズガイド - インストール、アップグレード、アンインストール - LazyLoadLife